Mas del Mar está ubicado en el Parque Natural de los Aiguamolls de l’Empordà, una de las zonas mediterráneas con mayor variedad de fauna. Junto con una vegetación singular, alberga más de trescientas especies de aves (anidantes, migratorias e invernantes), muchas de las cuales están protegidas. Además, en la zona habitan mamíferos (como ciervos, ginetas, nutrias, liebres…), reptiles (como el chalcides striatus, lacerta bilineata), anfibios (por ejemplo, triturus marmoratus, triturus helveticus, hyla meridionalis), y el protegido fartet (Aphanius iberus). El ecosistema que cautivó a griegos y romanos se está recuperando gracias a una gestión muy cuidadosa de los humedales del Empordà.

Mas del Mar se encuentra entre los Parques Naturales del Cap de Creus y las Islas Medes, donde se puede encontrar una amplia variedad de fauna marina. Entre esta fauna destacan las tortugas, los delfines y nuestro querido caballito de mar (Hippocampus ramulosus, Hippocampus hippocampus).